Bentuk
Bentuk logo dapat diuraikan sebagai bentuk simbolisasi antara lain buku yang terbuka, kupu-kupu, dan permata yang saling berkaitan sehingga membentuk satu kesatuan.

Warna
Warna emas, mencerminkan kesehatan, dan keamanan, kegembiraan, prestis, kebijakan, arti, tujuan, pencarian kedalaman hati, ilmu pengetahuan. perasaan kagum dan konsentrasi.

Warna biru melambangkan kepercayaan, konservatif, teknologi, kebersihan, keteraturan, dan perasaan yang dalam. Warna ini mempunyai karakter tentang konsentrasi, ketenangan, bekerjasana, dapat menerima segala masukan, perasa, cerdas dan bersatu.

Selain itu, warna biru juga memberikan pengaruh lemah lembut, bijaksana, pengasih dan penyayang, tidak mudah tersinggung dan banyak kawan.

Makna
Bentuk logo terdiri dari lima bagian yang mewakili rukun Islam yang dapat diartikan bahwa pendidikan di SIT Permata Mojokerto tak hanya berbekal ilmu pengatahuan saja tetapi juga berpegang pada ilmu agama sehingga seimbang antara IPTEK dan IMTAQ. Bentuk seperti kupu-kupu terbang melambangkan cita-cita yang tinggi dan mulia akan tercapai jika kita mau belajar sungguh-sungguh.

Warna biru memberi kesan dinamis, saling keterkaitan antara satu dan yang lain dengan komposisi warna biru tua dan muda. Makna yang terkandung dalam logo ini adalah SIT Permata Mojokerto sebagai wadah menimba ilmu pengetahuan dan agama yang mampu mencetak generasi berprestasi dan berakhlak mulia.